В 1826 году Киевский митрополит Евгений Болховитинов опубликовал «Краткое историческое описание Киево-Печерской Лавры», где подробно описал судьбу существования Успенского собора. Исследователь А. В. Ситкарьова приводит его описания, которые в основном касаются строительства и ремонтов собора. Е. Болховитинов сообщает, что в 1096 году половцы ограбили монастырь и подожгли Успенский собор, а затем собор был отстроен на средства киевских князей. В 1151 году Киево-Печерский монастырь вновь ограбили – сначала торки и берендеи под руководством Юрия Долгорукого, а в 1169 году – под руководством его внука князя Мстислава. В 1203 году монастырь грабили половцы, возглавляемые князьями Михаилом и Ярослав Всеволодович. Во время татаро-монголь- ской нашествия 1240 согласно свидетельствам Киевского Синописа, ограбили и сожгли Печерский монастырь, и «Самую небесах подобную Церковь Пресвятой Богородицы Печерской оскверниша, от всего украшения обнажиша и Крест с головы Церковныя златокованой сняшася, а верх к полу – Церковь по окна повелению проклятого Батыя испровергоша; также- где и верх алтаря большого по перси иконы Пресвятой Богородицы избита ».

В 1399 году татаро-монгольский хан Тимур-Кутлук, который напал на Киев, заставил монастырь заплатить выкуп 30 рублей серебром, чтобы избежать ограбления. В 1416 году другой хан Едигей – сжег Печерский монастырь.

А.В. Ситкарьова ссылается на первый историко-археологический описание Успенского собора, сделанный митрополитом Киевским и Галицким священноархимандритом Киево-Печерского монастыря Самуилом Миславским в соавторстве с Феофаном Шияновым, эта работа называется «Краткое описание Киево- Печерской Лавры» (1795). Опираясь на информацию из Киевского синопису, Миславский приводит свидетельство о разрушении храма:

«К большому сожалению эта роскошная и достопамятного церковь и монастырь 1240, а по мнению других 1237 или 1239, во время нашествия на Киев Татарского хана Батыя, разорены и всего красоту обнаженные … Хан приказал с церковной большой главы предложенный святой крест снять, верхом церковные, даже в самых окон, сломать … оставив одни только руины. Находилась церковь в таком жалобно положении 200, а по рассказу других – 233 года. 1470 благоверным князем Киевским и Слуцким Симеоном Александровичем Олельковичем обновленная и освящена при архимандрит Иоанн. Но и этого украшения разновременно, из-за нападений татар и других врагов потеряла, но старательно настоятелей и милостыней благотворителей возобновляемые была ». В 1482 году крымский хан Менгли-Гирей сжег Печерский монастырь и Успенский собор находился в запустении до второй половины XVI века. Согласно исследованиям 1886 кафедрального протоиерея Киево-Софийского собора П. Лебединцева, храм в начале XVII в., Как и в древности, был одноглавый с тремя апсидами на востоке. Вторая баня была над Предтеченский боковым приделом.

С северной и южной сторон церкви были расположены более поздние низкие пристройки «в виде палаток». «В палатке, находившийся спереди южных дверей Великой церкви, была церковь Св. Иоанна Богослова, а в палатке позади тех дверей, где сейчас ризница лаврская, был боковой придел во имя святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого. С двух пристроек на северной стороне в западной, прилегающей к Предтеченского бокового придела, была усыпальница господ Ельцев с церковью, а передняя, или восточная, служила общую усыпальницу … Были две небольшие пристройки и с западной, лицевой стороны Большой церкви , также в виде палаток, с двускатными крышами и с крестом наверху; назначение их неизвестно, очевидно, это были надгробия знатных лиц ».

Далее Лебединцев пишет: «После 1638, скорее всего при митрополите Петре Могиле (1644) … Большая Печерская церковь набрала наряднее вида с 5″ куполами “, с малой банькой на фронтоне спереди главного купола, а под крестом этого купола, на шейке, надстроена имела баня ».

Следующие изменения в архитектуре церкви, по мнению Лебединцева, произошли в последней четверти XVII в., Когда к ней было пристроен “на юго-западном углу боковой придел на всю ее высоту, который по размеру отвечал Предтеченском боковом придела .. . Благодаря почему церковь приобрела более равномерному формы »… в таком виде большая лаврская церковь оставалась до 1718 гг.».