В 1826 році Київський митрополит Євгеній Болховітінов опублікував «Краткое историческое описание Киево-Печерской Лавры», де детально описав долю існування Успенського собору. Дослідник О. В. Сіткарьова наводить його описи, які переважно стосуються будівництва та ремонтів собору. Є. Болховітінов повідомляє, що в 1096 році половці пограбували монастир і підпалили Успенський собор, а згодом собор було відбудовано коштом київських князів. В 1151 році Києво-Печерський монастир знов пограбували – спочатку торки і берендеї під керівництвом Юрія Долгорукого, а в 1169 році – під керівництвом його онука князя Мстислава. В 1203 році монастир грабували половці, очолювані князями Михайлом і Ярославом Всеволодовичами. Під час татаро-монголь- ської навали 1240 року згідно свідчень Київського Синописа, пограбували і спалили Печерський монастир, і «Саму небесах подібну Церква Пресвятої Богородиці Печерську оскверніша, від усього прикраси обнажіша і Хрест з голови Церковния златокованой сняшася, а верх до підлоги – Церква по вікна повелінням проклятого Батия іспровергоша; також- де і верх олтаря великого по перси ікони Пресвятої Богородиці побита».

В 1399 році татаро-монгольський хан Тимур-Кутлук, який напав на Київ, змусив монастир заплатити викуп 30 карбованців сріблом, аби уникнути пограбування. В 1416 році інший хан  Едигей – спалив Печерський монастир.

О.В. Сіткарьова посилається на перший історико-археологічний опис Успенського собору, зроблений митрополитом Київським і Галицьким священноархімандритом Києво-Печерського монастиря Самуїлом Миславським у співавторстві з Феофаном Шияновим, ця праця має назву «Краткое описание Киево- Печерской Лавры» (1795). Спираючись на інформацію з Київського синопису, Миславський наводить свідчення про руйнування храму:

«На превеликий жаль ця розкішна і достопам’ятного церква і монастир 1240, а на думку інших 1237 або 1239 року, під час навали на Київ Татарського хана Батия, розорені і всього красу оголені … Хан наказав з церковної великий глави запропонований святий хрест зняти , верхи церковні, навіть до самих вікон, зламати … залишивши одні тільки руїни. Перебувала церква в такому жалісно положенні 200, а по оповіданню інших – 233 року. 1470 року благовірним князем Київським і Слуцьким Симеоном Олександровичем Олельковичем оновлена і освячена при архімандрит Іоанн. Але і цього прикраси різночасно, через напади татар та інших ворогів втратила, але старанно настоятелів і милостинею благодійників поновлювані була». В 1482 році кримський хан Менглі-Гірей спалив Печерський монастир, і Успенський собор знаходився в запустінні до другої половини XVI століття. Згідно досліджень 1886 року кафедрального  протоієрея Києво-Софійського собору П.Г. Лебединцева, храм на початку XVII ст., як і в давнину, був одноглавим з трьома апсидами на сході. Друга баня була над Предтеченським боковим приділом.

З північного і південного боків церкви було розташовано пізніші низькі прибудови «у вигляді наметів». «У наметі, що знаходився спереду південних дверей Великої церкви, була церква Св. Іоанна Богослова, а у наметі позаду тих дверей, де нині ризниця лаврська, був боковий приділ во ім’я святителів Василія Великого, Григорія Богослова та Іоанна Златоустого. З двох прибудов на північному боці в західній, що прилягала до Предтеченського бокового приділа, була усипальня панів Єльців з церквою, а передня, або східна, правила за спільну усипальню… Були дві невеликі прибудови і з західного, лицьового боку Великої церкви, також у вигляді наметів, з двосхилими дахами і з хрестом угорі; призначення їх невідоме, очевидно, це були надгробки знатних осіб».

Далі Лебединцев пише: «Після 1638 року, найімовірніше при митрополиті Петрі Могилі (1644 р.)… Велика печерська церква набрала ошатнішого вигляду з 5 “куполами“, з малою банькою на фронтоні спереду головного купола, а під хрестом цього купола, на шийці, надбудована мала баня».

Наступні зміни в архітектурі церкви, на думку Лебединцева, відбулися в останній чверті XVII ст., коли до неї було прибудовано «на південно-західному куті боковий приділ на всю її висоту, який за розміром відповідав Предтеченському боковому приділу, …завдяки чому церква набула рівномірнішої форми»… в такому вигляді велика лаврська церква залишалася до 1718 р.».